Studenci pragnący pogłębiać swoją wiedzę i połączyć ją z praktyką, mogą brać udział w pracach kół naukowych. Obecnie na Wydziale Nauk o Środowisku działa dziesięć kół naukowych:

• Naukowe Koło Hydrobiologów i Rybaków
• Naukowe Koło Akwarystów „Labeo"
• Koło Naukowe Ekologów
• Studenckie Koło Naukowe „OIKOS"
• Naukowe Koło Mikrobiologów Molekularnych „COCCUS"
• Studenckie Koło Naukowe Inżynierów Środowiska
• Studenckie Koło Pasjonatów Wędkarstwa i Aktywnej Ochrony Ryb "FARIO"
• Studenckie Koło Naukowe Turystyki i Rekreacji ”Voyager”
• Naukowe Koło Olfaktometryczne
• Naukowe Koło Limnologów
• Studenckie Naukowe Koło Chiropterologiczne (koło nieaktywne)

Członkowie kół naukowych biorą udział m.in. w warsztatach, obozach naukowych, seminariach, konferencjach oraz uczestniczą w specjalistycznych badaniach i grantach naukowych. Realizowane przez studentów projekty są zbieżne z tematyką badawczą Katedr, przy których zostały powołane poszczególne koła. Za sprawą bardzo dużego i systematycznego zaangażowania członków kół, a także wszechstronnej pomocy opiekunów, działalność naszych kół naukowych była wielokrotnie wyróżniana i doceniana na zarówno na Ogólnopolskich jak i Międzynarodowych Seminariach Kół Naukowych.

Zakres badań

Badania hydrobiologiczne rzek i jezior Warmii i Mazur udział w pracach związanych z planem ochrony Parków Narodowych Wigierskiego, Poleskiego i Drawieńskiego. Badania prowadzone przez Naukowe koło Hydrobiologów i Rybaków koncentrują się głównie wokół zagadnień związanych z odżywianiem się i wzrostem ryb oraz oddziaływaniem na ichtiofaunę innych zwierząt rybożernych (głównie ptaków i ssaków). Materiały do prowadzonych badań zdobywane są w czasie letnich obozów naukowych w trakcie, których uczestniczący w nich studenci poznają metody poboru prób oraz nowoczesne techniki ich opracowania, często zbierając materiały do prac magisterskich.

W ostatnich kilku latach zainteresowania badawcze studentów skupiają się na ekosystemach wodnych wchodzących w skład obszarów chronionych. W ciągu ostatnich pięciu lat członkowie Kola brali udział w pracach dotyczących ichtiofauny jezior przymorskich (Bukowo, Resko). Uczestniczyli w badaniach dotyczących ichtiofauny jeziora Hańcza zakończonych powstaniem książki pt. ”Środowisko i ichtiofauna jeziora Hańcza”. W latach 2006-2008 członkowie Koła brali udział w projekcie dotyczącym „Ochrony autochtonicznej populacji siei z jeziora Łebsko”. Łącznie Koło zorganizowało 5 zagranicznych obozów naukowych i 33 obozy krajowe. W latach 1969 - 2008 w pracach koła uczestniczyło 690 osób.