Wydział Bioinżynierii Zwierząt powstał w 1950 r. pod nazwą Zootechniczny, z chwilą utworzenia w Olsztynie Wyższej Szkoły Rolniczej, przemianowanej w 1972 r. na Akademię Rolniczo-Techniczną. Od 1 września 1999 r. Wydział wchodzi w struktury Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie, który powstał z połączenia Akademii Rolniczo-Technicznej, Wyższej Szkoły Pedagogicznej oraz Warmińskiego Instytutu Teologicznego.

W pierwszym roku istnienia Wydziału, jego strukturę organizacyjną tworzyły cztery jednostki:

• Katedra Biologii Zwierząt,
• Katedra Hodowli Ogólnej Zwierząt Domowych,
• Katedra Szczegółowej Hodowli Zwierząt Domowych,
• Katedra Żywienia Zwierząt.

W każdym następnym roku akademickim notowano dynamiczny rozwój Wydziału. W 1966 r. Wydział uzyskał pełne prawa akademickie do nadawania stopnia naukowego doktora i doktora habilitowanego w dziedzinie nauk rolniczych, w dyscyplinie zootechnika.

W 1998 r. Senat Akademicki na wniosek Rady Wydziału Zootechnicznego podjął uchwałę o zmianie nazwy wydziału, na Wydział Bioinżynierii Zwierząt.

W ponad 67-letniej historii Wydziału, Rada Wydziału nadała  395 osobom stopień naukowy doktora, 127 stopień doktora habilitowanego nauk rolniczych w zakresie zootechniki, a tytuł naukowy profesora uzyskało 70 osób. Ponadto wypromowano 8 doktorów honoris causa oraz czterech honorowych profesorów. Studia ukończyło ponad 11 tys. absolwentów z tytułem magistra inżyniera lub inżyniera. Obecnie kadrę naukowo-dydaktyczną Wydziału stanowi 65 nauczycieli akademickich, w tym 31 profesorów (26 tytularnych) i 10 doktorów habilitowanych.

Na Wydziale, na studiach stacjonarnych i niestacjonarnych pierwszego stopnia (kierunek Bioinżynieria produkcji żywności - stacjonarne, kierunek Zootechnika) oraz drugiego stopnia (kierunek Zootechnika), a także na studiach podyplomowych i czteroletnich studiach doktoranckich, kształci się obecnie około 800 studentów.

W 2011 roku Państwowa Komisja Akredytacyjna przyznała ocenę wyróżniającą kierunkowi Zootechnika, realizowanemu na naszym Wydziale. Od roku akademickiego 2016/2017 funkcjonuje  nowy kierunek studiów Zwierzęta w rekreacji, edukacji i terapii.

Aktualnie Wydział Bioinżynierii Zwierząt jest postrzegany jako nowoczesny, realizujący aktualnie ważne oraz perspektywiczne, zarówno z punktu widzenia nauki, jak i gospodarki północno-wschodniej Polski, kierunki rozwoju hodowli zwierząt gospodarskich i dziko żyjących, technologii produkcji, a także oceny i kształtowania jakości surowców zwierzęcych, ukierunkowanych na wytworzenie bezpiecznej i prozdrowotnej żywności.