W całym okresie istnienia Zakładu i Katedry prowadzono prace eksperymentalne i studialne związane z hodowlą i użytkowaniem oraz praktycznym żywieniem poszczególnych grup produkcyjnych trzody chlewnej. Głównymi kierunkami badań naukowych były:

1. prace nad wytworzeniem nowej rasy świń,
2. ocena efektywności zastosowania różnych wariantów krzyżowania towarowego,
3. efektywność odchowu prosiąt w zależności od terminów odsadzania od loch i rodzaju podawanych mieszanek pełnoporcjowych,
4. uwarunkowania użytkowości rozpłodowej loch,
5. badania nad różnymi źródłami białka w paszy dla świń,
6. ocena smakowitości pasz,
7. analiza występowania grzybów i mikotoksyn w paszy oraz ich wpływ na produkcyjność świń,
8. analiza produkcji świń z zastosowaniem różnych systemów utrzymania i żywienia,
9. wielopoziomowa analiza molekularna hepatoprotekcyjnego działania ziół leczniczych w przeciwdziałaniu dysfunkcjom wątroby wywołanym przez aflatoksynę B1, in-vivo na modelu świńskim oraz in-vitro w hepatocytach człowieka i świni

Trudno krótko podsumować i określić, które z wymienionych grup tematycznych miały największe znaczenie. Największą liczbę prac wykonano jednak z zakresu odchowu prosiąt oraz praktycznego żywienia różnych grup świń. Finansowane one były przez IZ w Krakowie, PAN w Jabłonnie, różne instytucje związane z rolnictwem, oraz z funduszu badań własnych i statutowych Uczelni.

W 1990 roku zakończono 5-letni okres badań w ramach CPBR 10.17/VII, którego koordynatorem IIo była prof. dr hab. Barbara Grudniewska. Uczestniczyły w nim wszystkie Zakłady Hodowli Trzody Chlewnej w Polsce, oraz kilka reprezentujących inne, pokrewne specjalności.

Dzięki funduszom związanym z wykonywanymi w ramach programu tematami zakupiono pierwszy w Zakładzie komputer, kopiarkę, aparaty elektroniczne do pomiarów grubości słoniny dla wszystkich Zakładów Hodowli Trzody Chlewnej w kraju i aparaturę do oznaczania składu chemicznego pasz. W latach dziewięćdziesiątych zakończono realizację 4 projektów badawczych, tzw. grantów finansowanych przez Komitet Badań Naukowych:

1. „Rzepak w żywieniu świń”, lata 1991-1994, kierownik: prof.dr hab. Marian Kozłowski,
2. „Wpływ mieszanek z udziałem poekstrakcyjnej śruty i nasion rzepaku dwuzerowego na  odchów, jakość nasienia i użytkowość rozpłodową knurów”, lata: 1993-1995, kierownik: prof.dr hab. Janusz Falkowski,
3. „Badania nad występowaniem Ochratoksyny A w zbożach, mieszankach pełnoporcjowych oraz narządach tuczników”, lata: 1996-1998, kierownik: prof. dr hab. Antoni Jarczyk.
4. ”Porównanie efektywności tuczu świń wysokomięsnych żywionych metodą wyboru (ang. choice-feeding) i metodą fazową” (lata 1998-2000), kierownik - prof.dr hab. Janusz Falkowski.
5. "Cechy tuczne i rzeźne, wartość dietetyczna mięsa, wskaźniki przemian lipidowych i zmiany anatomopatologiczne jelit u świń wysokomięsnych otrzymujących w II okresie tuczu mieszanki o podwyższonej zawartości włókna surowego", Grant KBN, NR 3P06Z 01924 lata 2003-2005 – kierownik dr Wojciech Kozera.
6. "Cechy tuczne, behawior i jakość produktu rzeźnego w zależności od sposobu utrzymania i żywienia świń " N311 2472 33. 2007-2010 – kierownik prof. dr hab. Janusz Falkowski.

Obecnie w Katedrze realizowane są projekty:

1. OPUS 22 LAP pt.: „Wielopoziomowa analiza molekularna hepatoprotekcyjnego działania ziół leczniczych w przeciwdziałaniu dysfunkcjom wątroby wywołanym przez aflatoksynę B1, in-vivo na modelu świńskim oraz in-vitro w hepatocytach człowieka i świni” – lata realizacji 2023-2026.
2. OPUS 29 pt.: „Interakcja między sieciami metabolicznymi żelaza i kwasów tłuszczowych omega-3: korzyści i zagrożenia dla zdrowia wynikające z diety” – lata realizacji 2026-2029.

Projekty interdyscyplinarne w ramach Regionalnej Inicjatywy Doskonałości RID:

1. „Ocena zdolności detoksykacyjnych szczepów Lactobacillus plantarum AMT 14 i Bifidobacterium animalis AMT 30 w trakcie przewlekłej intoksykacji DON”
2. „Odziaływanie Fusarium culmorum powodującego fuzariozę kłosów pszenicy ozimej na parametry morfologiczno-funkcjonalne przewodu pokarmowego świni domowej”
3. „Ocena wpływu niedoboru białka pokarmowego na wrażliwość prosiąt względem substancji niepożądanych na przykładzie deoksyniwalenolu (DON).”
4. „Zapewnienie bezpieczeństwa paszowego poprzez wykorzystanie krajowych źródeł białka, jako alternatywa poekstrakcyjnej śruty sojowej”.

Wyniki zakończonych prac naukowych były i są publikowane w kraju i za granicą, w językach polskim, angielskim, niemieckim, rosyjskim, czeskim i słowackim. Komunikaty naukowe są prezentowane na konferencjach krajowych i zagranicznych, m.in. podczas dorocznych zjazdów Europejskiej Federacji Zootechnicznej.
Jako przedstawiciele tzw. nauk stosowanych, pracownicy naukowo-dydaktyczni zawsze ściśle współpracowali z instytucjami terenowymi, uczestnicząc w szkoleniach kadry zootechnicznej różnych szczebli oraz indywidualnych producentów trzody chlewnej. Uważali też za swój obowiązek przedstawianie wyników badań nie tylko w opracowaniach naukowych, ale i licznych artykułach popularno-naukowych, popularnych, instrukcjach, ulotkach itp.
Pracownicy Katedry odbywali staże naukowe w krajowych ośrodkach badawczych i produkcyjnych oraz za granicą, m.in. w Czechach, Słowacji, Bułgarii, Niemczech, Kanadzie, Holandii i Norwegii. Od ponad 20 lat utrzymywana jest stała współpraca naukowa z uniwersytetami rolniczymi Czech i Słowacji. Aktualnie są to: Południowo-Czeski Uniwersytet Rolniczy w Czeskich Budziejowicach (prof. Vaclav Matoušek), Czeski Uniwersytet Rolniczy w Pradze (prof. Miloslav Pour), Rolniczo-Leśny Uniwersytet im. Mendla w Brnie (prof. Stanisław Buchta, doc. Marie Čechova) i na Słowacji Uniwersytet Rolniczy w Nitrze (doc. Juraj Mlynek, prof. Lubomir Kovač). Współpraca dotyczy organizacji wspólnych konferencji, staży naukowych, obozów kół naukowych i wymiany publikacji naukowych.
Tematyka badawcza zespołu Katedry Hodowli Trzody Chlewnej, która uzyskała zainteresowanie międzynarodowe i krajowe

1. Badania nad zastosowaniem produktów rzepakowych w żywieniu różnych grup  produkcyjnych świń.
2. Wyniki odchowu prosiąt w zależności od terminu odsadzania od loch i wartości  pokarmowej mieszanek użytych do dokarmiania i żywienia po odsadzeniu.
3. Wpływ dodatku kwasów organicznych do mieszanek na odchów prosiąt w okresie poodsadzeniowym.
4. Badania nad smakowitością diet stosowanych w żywieniu rosnących świń.

Planowana i realizowane tematyka badawcza:

• Proekologiczne metody chowu świń
• Uwarunkowania chowu i hodowli świń w regionie Warmii i Mazur
• Kontynuacja badań nad efektywnością zastosowania komponentów białkowych w mieszankach przeznaczonych dla różnych grup produkcyjnych świń
• Skuteczność stosowania dodatków paszowych w żywieniu rosnących świń
• Ocena jakości mięsa w zależności od zastosowanego żywienia i utrzymania
• Stosowanie dodatków paszowych w żywieniu poprawiających zdrowotność i odchów świń