Zakład Zoohigieny powstał w 1953 r. przy Zespołowej Katedrze Fizjologii Zwierząt i Higieny Weterynaryjnej, kierowanej przez zastępcę profesora lek. wet. Kazimierza Rzeszowskiego. W 1955 r. zakład stał się jednozakładową katedrą, której kierownictwo objął zastępca profesora lek. wet. Jerzy Żebrowski. Oprócz prowadzenia zajęć dydaktycznych, bierze on udział w popularyzacji wiedzy rolniczej w woj. olsztyńskim.

W 1961 r. z Warszawy do WSR w Olsztynie przenosi się dr Stefan Tarczyński i przejmuje obowiązki kierownika katedry. W 1962 r. Stefan Tarczyński uzyskuje stopień doktora habilitowanego i 1.04.1963 r. – stanowisko docenta etatowego, a 1.05. tegoż roku – nominację na kierownika katedry. W styczniu 1967 r. doc. dr hab. Stefan Tarczyński otrzymuje nominację na kierownika Katedry Parazytologii i Chorób Inwazyjnych Wydziału Weterynaryjnego WSR w Olsztynie.

W 1968 r. nominację na docenta etatowego w Katedrze Zoohigieny otrzymuje dr Lesław Kastyak i obejmuje kierownictwo katedry. W 1970 r. wraz ze zmianą struktury organizacyjnej Wydziału Zootechnicznego, Katedra Zoohigieny zmienia nazwę na Zakład Zoohigieny i wchodzi w skład Instytutu Genetyki i Metod Doskonalenia Zwierząt.

Od 1980 do 1982 r. obowiązki kierownika pełni dr Stanisław Bogdan.

W listopadzie 1982 r. na kierownika zakładu powołano doc. dr hab. Kazimierza Filusia, a w październiku 1983 r. ponownie wydzielono Zakład z Instytutu. Zakład Zoohigieny staje się samodzielną jednostką organizacyjną Wydziału.

Od 1.01.1998 r. obowiązki początkowo p/o a następnie kierownika zakładu przejęła prof. dr hab. Krystyna Iwańczuk-Czernik, która tą funkcję pełniła do 31.12.2009 roku.

W kwietniu 1999 roku zakład zmienia nazwę na Zakład Higieny Zwierząt i Środowiska, a w styczniu 2005 roku, dzięki usilnym staraniom Pani Profesor nad poszerzeniem oferty przedmiotów i zatrudnieniem młodej kadry badawczo-dydaktycznej, na Katedrę Higieny Zwierząt i Środowiska.

Od 1.01.2010 roku funkcję kierownika Katedry Higieny Zwierząt i Środowiska pełni prof. dr hab. Janina Sowińska, prof. UWM. Po 11-letnim kierowaniu katedrą Pani Profesor odchodzi na zasłużoną emeryturę.

Od 1 września 2020 roku funkcja kierownika katedry zostaje powierzona prof. dr hab. Dorocie Witkowskiej.